进入二十一世纪，飞虎香港飞虎队在队长Stone的飞虎带领下，面临着内外交困的飞虎局面。内部，飞虎随着老队员逐渐退出或转职，飞虎新成员的飞虎加入也让队伍出现了隔阂和质疑，一些新人认为飞虎队只是飞虎例行训练而未有效打击犯罪。同时，飞虎警方高层希望Stone降低招募标准以吸引更多人才，飞虎但Stone坚持严格要求，飞虎不愿冒险牺牲队员生命。飞虎外部挑战则来自日益复杂的飞虎犯罪形势：恐怖分子以及拥有现代武器装备的罪犯开始增多，对飞虎队提出了更高的飞虎考验。在这样的飞虎背景下，王季及其同伙成为飞虎队的飞虎一大威胁。这些犯罪分子大多有军旅背景，掌握一定军事知识。王季通过本地线人给了警方虚假情报，使得重案组警探耶稣与好友兼上司韩坚在一次行动中扑空，仅捣毁了一个伪造中心。借此机会，王季拍摄了飞虎队的行动过程，为将来作案提供参考。这次未能成功抓捕的目标让耶稣感到十分挫败。他决定报考飞虎队以证明自己的能力，并承诺会更努力追查案件真相。面对重重挑战，石队及整个飞虎队必须不断创新训练方式，证明自己是香港最现代化的精英部队，才能迎接未来更加严峻的考验。
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